＊運航日の見方
M---月、Tu---火、W---水、Th---木、F--- 金、 Sat---土、Sun---日、x---運行無し
| 発 着 地 | 便 名 | 出発/到着時刻 | 運 航 日 |
| マニラ(MNL) ⇒ 成田(NRT) | JL746 | 1005/1535 | Daily |
| JL 742 | 1425/1955 | DAILY |
| PR 428 | 0640/1210 | DAILY |
| PR 432 | 1440/2010 | DAILY |
| NH 820 | 0930/1500 | DAILY |
| DL 180 | 0810/1355 | DAILY |
| 5J 5054 | 0615/1135 | DAILY |
| 5J 5052 | 1410/1930 | DAILY |
| GK 40 | 0050/0615 | DAILY |
| 成田(NRT) ⇒ マニラ(MNL) | JL741 | 0930/1310 | Daily |
| JL 745 | 1755/2135 | DAILY |
| PR 431 | 0930/1320 | DAILY |
| PR 427 | 1325/1730 | DAILY |
| NH 819 | 1715/2055 | DAILY |
| DL 181 | 1600/1955 | DAILY |
| 5J 5055 | 1305/1720 | DAILY |
| 5J 5053 | 2025/0025 | DAILY |
| GK 41 | 1935/2350 | DAILY |
| 発 着 地 | 便 名 | 出発/到着時刻 | 運 航 日 |
| マニラ(MNL) ⇒ 羽田(HND) | PR422 | 0825/1340 | Daily |
| | PR424 | 1900/0015 | Daily |
| | NH870 | 1440/2000 | Daily |
| 羽田(HND) ⇒ マニラ(MNL) | PR423 | 0115/0450 | Daily |
| | PR421 | 1505/1855 | Daily |
| | NH869 | 0945/1330 | Daily |
| マニラ(MNL) ⇒ 関空(KIX) | PR408 | 1355/1850 | Daily |
| 5J 828 | 1455/2010 | |
| 3K 763 | 0655/1150 | M/F/Sat/Sun |
| GK 80 | 0025/0500 | W/F/Sun |
| 関空(KIX) ⇒ マニラ(MNL) | PR407 | 0955/1255 | Daily |
| 5J 827 | 2115/0025 | |
| 3K 764 | 1250/1605 | M/F/Sat/Sun |
| GK 81 | 2015/2325 | T/Th/Sat |
| マニラ(MNL) ⇒ 名古屋(NGO) | PR438 | 1355/1855 | Daily |
| 5J 5038 | 1520/2025 | |
| GK 94 | 0050/0540 | M/T/Th/Sat |
| 名古屋(NGO) ⇒ マニラ(MNL) | PR437 | 0935/1245 | Daily |
| 5J 5039 | 2120/0040 | |
| GK 95 | 2015/2345 | M/W/F/Sun |
| マニラ(MNL) ⇒ 福岡(FUK) | PR426 | 0945/1430 | Daily |
| 5J 922 | 1425/1920 | T/Th/Sun |
| 福岡(FUK) ⇒ マニラ(MNL) | PR425 | 1530/1825 | Daily |
| 5J 923 | 2005/2300 | T/Th/Sun |
| セブ(CEB) ⇒ 成田(NRT) | PR434 | 0800/1340 | Daily |
| PR436 | 1445/2030 | Daily |
| 5J 5062 | 0530/1110 | |
| 成田(NRT) ⇒ セブ(CEB) | PR435 | 0935/1335 | Daily |
| PR433 | 1440/1840 | Daily |
| 5J 5063 | 1155/1605 | |
| セブ(CEB) ⇒ 関西(KIX) | PR410 | 0915/1435 | Daily |
| 関空(KIX) ⇒ セブ(CEB) | PR409 | 1525/1845 | Daily |
| クラーク(CRK) ⇒ 関西(KIX) | 3K 777 | 0700/1155 | T/Th/Sat
|
| クラーク(CRK) ⇒ セブ(CEB) | 3K 778 | 1255/1615 | T/Th/Sat |